关于干细胞移植，神经科学家进行了大量的动物实验和临床前实验，希望移植细胞能起到细胞替代治疗的效果。
1、移植途径
(1)静脉或动脉注射一定浓度的干细胞悬液。
(2)通过脑立体定位仪，将干细胞悬液注射到损伤脑实质或损伤同侧侧脑室。体内给予，其操作更简单，且更符合临床应用。将干细胞注射到脑梗塞区，不利于干细胞的存活。相比静脉给予，动脉给予方式似乎更好，减少了干细胞在体内循环的路径。
(3)干细胞悬液滴到鼻腔黏膜。此种方法无创伤，在临床易进行。但目前尚不知干细胞渗透到损伤脑组织的效率怎样。
(4)脑中风时，腰椎穿刺给予神经干细胞，移植的神经干细胞迁移到侧脑室，并进入邻近的脑实质，分化为神经元和星形胶质细胞。
2、移植时间
大多数干细胞移植的动物实验，是在脑损伤后1～2天进行。也有报道显示，局灶性脑缺血后l周进行细胞移植，显示出神经保护作用。
3、免疫排斥
神经干细胞具有低免疫原性，不表达成熟抗原如MHCⅠ和Ⅱ类分子，因此同种异体移植后，免疫排斥轻或无
免疫排斥反应。而骨髓基质干细胞可能引起强烈的免疫反应导致快速急性排斥。因此，一些移植实验使用了免疫抑制剂，但是必须重视免疫抑制剂的严重副作用，如抑制免疫细胞进入缺血损伤区。
4、移植细胞的证实
移植前用一些标志物标记细胞，可以在体内显示移植细胞。标志物包括稳定的转基因标志物如绿色荧光蛋白、细胞质的β-半乳糖苷酶基因、不扩散的细胞核标志物BrdU。种族特异性的标志物、用Y或X染色体染色也可显示移植细胞。但是，部分移植细胞进入体内后死亡，胸腺嘧啶类似物可能从死亡细胞释放出来，被正在分裂的宿主细胞摄取，因此内源性的神经干细胞及其子细胞可能成为BrdU阳性细胞，不能与移植细胞相区别。故BrdU不是标记移植细胞理想的示踪物。
