炎症性肠病主要包括两种疾病类：溃疡性结肠炎和克罗恩病。它们都是无法治愈性的疾病，两者在发病机制上有共性，但呈现不同临床类型。炎症性肠病的发病机制涉及遗传易感性、环境因素与免疫学异常等多个复杂因素之间的相互作用。微生物因素同样也参与了其发生、发展。炎症可发生于肠道的任何部位，但以慢性胃肠道炎症为主，是宿主免疫系统对肠道微生物不适当的反应。
炎症性肠病的治疗目标
目前对炎症性肠病的研究已经有所进展，但炎症性肠病发生发展的确切机制仍不明确，这对炎症性肠病患者的治疗造成了困难，只有炎症性肠病的发生途径及机制得以明确，其治疗才可能达到治愈的可能。目前治疗炎症性肠病的目的是通过免疫抑制的方式控制炎症症状，而我们治疗的目标是炎症深度缓解（包括临床缓解及内镜下缓解），终止疾病的进展，防止肠道损伤，减少长期致残率，维持正常的生活质量。
传统治疗的缺点及不足之处
传统药物治疗产生的免疫抑制反应会导致感染、神经系统疾病、恶性肿瘤等不良事件的发生。而手术治疗同样面临着困难：患者拒绝手术；炎症性肠病所致小肠病变的面积达不到手术的指征，并且面临着术后短肠综合征的高风险。传统治疗方式不可避免会导致炎症性肠病的复发，而疾病的复发不仅会影响患者的生活质量，精神、身体健康，还会影响工作效率、人际关系及享受休闲活动的能力。因此新疗法治疗炎症性肠病势在必行。在过去的几年里，再生医学和干细胞领域已取得巨大的进步，干细胞疗法成为治疗组织损伤有前途的替代方案。尤其是在不可手术的情况下。干细胞移植的目标是破坏“慢性疾病细胞的自身免疫性，并重新建立对肠道微生物的免疫性”。炎症性肠病治疗的最新策略不仅针对控制黏膜炎症，同样也要获得受累黏膜的愈合。传统疗法，如抗生素、巯嘌呤和抗肿瘤坏死因子制剂，只观察到降低了克罗恩病相关的并发症和改善了生活质量，但并不能治愈疾病，干细胞疗法比传统疗法有一定的优势。再生医学表明这种治疗方式可以促进受损组织的再生，并伴随修复受损组织的特异功能。使受损组织再生的方法之一就是将干细胞移植到主体组织中。
间充质干细胞为治疗许多免疫性疾病带来了希望。正如它们发挥免疫调节作用，促进组织修复一样，
骨髓间充质干细胞似乎在治疗免疫系统失调引起的组织损伤（如炎症性肠病）上特别有前景。间充质干细胞治疗是一种微创手术，不像目前的手术方案，不损伤肛门括约肌，甚至可以促进瘘管的愈合。不像传统的免疫抑制药物，它似乎不增加机会性感染的风险。更有研究表明相比传统规范化药物治疗，细胞疗法治疗溃疡性结肠炎有更好的稳定性。
间充质干细胞治疗炎症性肠病的安全性及有效性
到目前为止，没有主要的间充质干细胞相关不良事件报道，无论是在患有炎症性肠病的患者的临床试验中还是在其他疾病中。自间充质干细胞使用首次报道以来，后续报道也未发现任何严重、长期或危及生命的不利影响。一些研究中表明，在没有异常生长的组织中进行局部注射间充质干细胞在输注过程中及输注之后会引起轻度及中度的发热。然而，如果没有明显的移植物植入不会有这种风险，为提高存活率，在预处理这些骨髓间充质干细胞时应该给予特别的注意。仅管具有免疫抑制特性，骨髓间充质干细胞在临床试验中并没有增加感染或恶性肿瘤的风险，一些研究表明间充质干细胞可以促进肿瘤生长或相反的有抑制肿瘤活性的作用，这些矛盾的结果可以用间充质干细胞能调节肿瘤生长的作用来解释。
