①免疫抑制作用：胎盘间充质干细胞可抑制Ｔ 淋巴细胞、Ｂ淋巴细胞及 ＮＫ 细胞的部分免疫功能。其作用机制包括抑制免疫细胞的增殖、抑制可溶性细胞因子、抑制细胞毒性物质的分泌。这就使得治疗用的胎盘间充质干细胞不仅可以用于自体，也可以用于异体。
②“免疫赦免”作用：胎盘间充质干细胞具有抑制同种异体免疫反应、降低移植物抗宿主反应的作用，在某种程度上，自身能躲过免疫防御机制的作用，即“免疫赦免”。
③强大的免疫调节作用：胎盘间充质干细胞具有较低免疫原性的特点，由于缺乏协同刺激因子，导致信号传导受限，因此，免疫细胞对胎盘间充质干细胞无细胞免疫反应。此外，胎盘间充质干细胞可以与多种免疫细胞相互作用，抑制有丝分裂原或同种异体抗原诱导淋巴细胞增殖的能力，阻断单核细胞成熟为树突状细胞的能力，是其免疫调节效应的另一个实例。强大的免疫调节作用使得移植的胎盘间充质干细胞在修复受损组织的同时，还可以调节患者的免疫状态。
④低免疫原性：胎盘间充质干细胞具有低免疫原性，与同种异体人外周血单核细胞及异基因动物猪的外周血单核细胞共培养，无刺激细胞增殖的现象，并通过非直接接触的作用方式抑制人同种异体混合淋巴细胞反应，这避免了胚胎干细胞等全能干细胞致瘤性风险。
