尽管脂肪间充质干细胞对组织工程和再生医学发挥积极作用，但许多研究显示脂肪间充质干细胞具有致癌潜能。体外和动物研究认为，脂肪间充质干细胞可与肿瘤细胞相互作用并诱导肿瘤发生。

 

研究发现乳腺肿瘤分泌的可溶性因子抑制脂肪分化，但增加了脂肪间充质干细胞的增殖、促血管生成因子分泌和肌成纤维细胞分化。这种脂肪间充质干细胞的行为类似于乳腺肿瘤的特征。研究发现脂肪间充质干细胞诱导乳腺癌的复发、转移或通过微环境诱导乳腺癌恶化。相反，也有报道脂肪间充质干细胞可以抑制肿瘤的活力和增殖，具有脂肪间充质干细胞条件培养基和胰腺肿瘤细胞的共培养系统，能够在体内和体外促进胰腺肿瘤的死亡。在肝、前列腺和结肠癌中也发现由脂肪间充质干细胞介导的这种抑制作用。脂肪间充质干细胞在体内体外都可以分化为泌尿系统细胞，揭示脂肪间充质干细胞可作为治疗泌尿膀胱上皮癌的潜在工具。总之，脂肪间充质干细胞移植的致癌潜力仍不清楚，报道的结果不一致。

 

脂肪间充质干细胞除了在组织修复中起作用，还可以影响各种免疫细胞并抑制这些细胞的活化和增殖，这些特征使脂肪间充质干细胞对炎症性疾病的应用具有吸引力。脂肪间充质干细胞除了同间充质干细胞一样具有自我更新能力和多能性外，还有免疫抑制特性和低免疫原性等免疫调节能力。因此，使用脂肪间充质干细胞的临床试验应结合患者的病史仔细考虑，特别是对于以前被诊断患有任何癌症的患者。