研究表明，脂肪间充质干细胞的产量受年龄、采集的部位和分离方法的影响。脂肪间充质干细胞具有最佳生物学功能且获取的细胞数量最多的分离方法尚未明确。

1、直接切除术和吸脂术获得的脂肪间充质干细胞在数量和成脂分化潜能之间没有显着性差异，但吸脂术获得脂肪间充质干细胞的活细胞百分率明显高于通过直接切除术。

2、捐赠者的年龄是影响脂肪间充质干细胞产量的另一个重要因素，从婴儿获得的脂肪间充质干细胞血管生成和成骨能力比成年人和老年人高。在20岁以上的年轻人和50-70岁的老年人收获脂肪间充质干细胞在增殖活性、克隆-分化潜能和倍增方面具有明显差异。

3、以相同的抽脂量，分离结果与专用机械法（５％）相比，机械+酶程序分离获得脂肪间充质干细胞更多（25.9%）。

4、通过胰蛋白酶消化成功分离和培养的脂肪间充质干细胞，细胞群呈现类似的免疫表型，可成脂分化和体外增殖，成骨分化能力比通过胶原酶分离的脂肪间充质干细胞高７倍。该替代方案比常用方法更有效且成本更低，可以作为用于获得组织工程的脂肪间充质干细胞相对有希望的方案。总体来说，胶原酶与胰蛋白酶消化法获得的脂肪间充质干细胞比较被大家认可。

5、其他方法如以注射器为基础的收获方式、真空抽脂法和外科脂肪切除术等因具有一定的侵袭性和细胞受到一定的损伤而没有被广泛应用。