在临床研究上，脂肪
间充质干细胞的第一次临床应用是在2004年。近年来，脂肪
间充质干细胞在组织修复和再生研究方面，每年显著增加。研究者们最关注的是在修复和再生中使用脂肪间充质干细胞的数量、临床试验评价疗效和安全性。
根据美国临床试验报道，有121项研究注册使用脂肪间充质干细胞，这些研究包括治疗
糖尿病、
肝硬化、瘘、心血管疾病、肢体缺血、肌萎缩侧索硬化、脂肪代谢障碍、移植物抗宿主病、克罗恩病、动脉硬化、软组织填充和骨组织缺损等，其中内分泌系统37例，缺血系统17例，软硬组织34例，其他33例。大多数涉及胃肠道和泌尿生殖道疾病、软骨和骨变性和移植物抗宿主病等疾病。
基于合法性，脂肪间充质干细胞用于韩国和日本的整形美容的临床治疗不受限制。但所有进行的研究大多处于早期阶段：０－Ⅰ级43例、Ⅰ／Ⅱ级58例、Ⅲ级5例、Ⅳ级2例、未确定13例，研究数量不超过100人。所有志愿者中32例为非招募志愿者，60例为招募志愿者，完成25例，中断5例。大多数评估干细胞疗效的临床试验都是在病人招募的早期阶段进行，只有20％完成了，5项研究被终止，这些研究被中断是由于缺乏治疗效果。
在临床应用上仍然需要克服较多的困难，如首先是移植的供体与受体的免疫反应，其次是与植入合成材料之间的相互作用等问题。但是人们试图通过工程化的脂肪间充质干细胞来解决此问题。
目前正在进行的脂肪干细胞再生潜能评价的临床试验大多处于研究的早期阶段，主要目标是评估干细胞治疗在小范围内患者的安全性及其副作用。大量的研究只包含病例的描述，而不是随机试验，对照组结果不显著。但是研究者们正在为干细胞的临床应用攻坚克难，在抗抑制宿主病、糖尿病、卵巢早衰、肺病患者、皮肤再造、中风以及创口愈合等取得重大突破。干细胞技术攻克传统医学不能及的重大疾病的全新医疗技术，在治疗疾病与健康保健方面将有重大的作为。
