以移植为目的的前处理，一般在移植前 7-10 天开始。以下会根据不同的疾病进行阐述，如何组合会根据疾病及相关因素来决定。进行前处理的话，不管是发病的细胞还是原来正常的造血干细胞都会被破坏。被破坏的细胞会变成尿酸和尿一起被排泄，但是如果尿酸的量过多的话就不能溶于尿液中，而会大量堆积在肾脏。因此，前处理开始的话为了增大尿量会增多点滴的量，并且会给患者服用防止尿酸生成的药物。
前处理使用的药物共同的副作用就是恶心和粘膜损伤。对于恶心使用止吐药的话会在一定程度上得到控制，前处理结束数日后一般会变好。另外，关于粘膜损伤具体的表现就是口腔变白、浮肿、出血等，为了预防粘膜损伤坚持正确漱口是最重要的。此外，为了预防口腔炎需要使用黏糊糊的药物来漱口。因为消化道整体都是粘膜构成的，和口腔一样消化管整体都会浮肿。因此，会伴随痢疾、腹痛，严重的情况下会使用止痛药物来对应。粘膜损伤通常会在移植后数日出现，持续10 天左右的时间。
全身放射线照射（TBI）
通常分割为 4 天时间进行。根据情况有时 1 天进行 2 回。地点在地下的治疗室，第 1 天需要 1小时以上，第 2 天开始多少会快一些。照射过程中，患者就是躺着就可以。但是，患者不可以动。
小孩的话会使用药物使其睡着进行照射。因为是针对全身照射，对于容易引起副作用的肺部和眼部会进行遮挡。
环磷酰胺
点滴药，一般适用于所有的肿瘤治疗，副作用是出血性膀胱炎，尿里混有血引起排尿疼痛和尿残留。为了预防会大量点滴来稀释尿液。另外，极少情况下会引起心脏损伤导致心力衰竭。为了避免这种情况发生移植前的心脏机能检查是非常重要的。
白消安
口服药。本来是慢性骨髓性白血病的治疗药，使用 100 倍左右的投入量来进行骨髓移植的前处理。粉末状药物 1 天分为 4 回服用，因为量多口服比较辛苦。副作用是痉挛，要进行脑波的检查，内服抗痉挛的药物。其他的副作用是少数的肝损伤、间质性肺炎。
依托泊苷
点滴药。抗肿瘤药剂的一种。使用这种药时发烧的人也有。所以，预防使用类固醇荷尔蒙，即使这样也有发烧的人。但是，一般的发烧只有 1 天。另外，肝损伤的情况也有。
左旋苯丙氨酸氮芥
点滴药，抗肿瘤药剂。副作用是肾损伤。这个药以前不适用于保险，最近可以用于保险了。
抗淋巴球蛋白
点滴药。是以人的淋巴细胞作为免疫抗原使马、兔免疫制得的血清。使用这个药剂的话，对早期的生着不全和
GVHD 有预防效果。但是因为是异种蛋白，过敏是最大的问题。需要十分注意的是，即使使用类固醇荷尔蒙，不仅是发烧，急性循环衰竭危及生命的情况也有。此药是保险范围以外需要个人承担费用。
氟达拉滨
点滴药。最近，随着非全清移植的普及而使用的药物。副作用基本上没有，和环磷酰胺一起使用的话会对心脏有不好的影响。
