移植前处理开始的话，抗生剂的内服也开始，希望身体达到无菌化的状态。这样，由于患者的造血能力在前处理后显著下降，白血球数量几乎接近0的状态，身体的抵抗力极度下降，通常对身体没有恶劣影响的微生物会轻易变成病原体的状态。接受移植的患者移植前一天或者当天需要进入无菌室，移植前要用消毒液洗浴，达到全身无菌化的状态。
无菌室如文字写的一样房间全部是无菌状态的房间，灭菌后的空气按照一定的方向流动，使用的水也是灭菌处理，提供的食物也是灭菌的无菌食。另外，为了清除肠道和口腔，咽喉部的细菌必须服用和吸入药物，口腔的漱口也是非常重要的。
患者在移植后，造血能力恢复前的数周时间需要在无菌室生活。无菌室里，除了床以外，我们花功夫配备了卫生间、电视、游戏机、电话等生活设备。为了确保无菌状态探望患者需要隔着窗帘，通过电话交流。相关工作人员和患者接触的时候也会穿上洁净的防护服。
如果患者是母乳期的幼儿，母亲也可以一起进入无菌室。但是，母亲不可能和患者同样的状态待在无菌室里。和工作人员一样穿着防护服接触婴儿。不能抱小孩和陪睡。当然，一秀般都会准备母亲休息的房间。
虽然说无菌室是非常清洁的房间，即使充分无菌化的患者如果生活态度错误的话也容易导致不洁净而置身于感染的危险中。
无菌室的入室期间基本上是移植前一天或者移植当天到生着开始1周后。从生着确认后的时点开始解除无菌状态，一部分吸入药物也会停止，无菌食也会换成接近普通食的加热食。
移植后，因为患者的抵抗力低下，有可能患上各种感染症。从免疫力的恢复时期开始，移植后大体可以分为3个时期，易患的主要感染症如下所示。
1、早期（移植后0天到30天）患者的白血球被捐献者的白血球替换，开始恢复的期间：细菌性、真菌性败血症，单纯疱疹引起的口腔炎。
2、中期（移植后30天到100天）白血球机能性的开始活动的期间：巨细胞病毒引发的肺炎、肝炎，腺病毒引发的出血性膀胱炎。
3.晚期（移植后100天以后）白血球机能还未十分明确的时期：水痘、带状疱疹病毒引起的带状疱疹，慢性
GVHD并发症的中耳炎、肺炎等反复性细菌感染症。
