骨髓移植之前所使用的调理疗方常导致掉发、食欲不振、口干、恶心、呕吐、口腔溃疡、腹泻，以及感染的风险增加。这些副作用大多可通过药物来处理。在干细胞植入期间，接受者的免疫系统是被抑制的，因此必须非常谨慎照护，防止接受者遭到感染；抗生素、抗病毒药物、以及抗霉菌的药物治疗皆是标准照护的一部分。正因如此，为使病患能被密集地受到照护，病患在干细胞植入期间通常是要住院的。在此期间，病患将无法制造红血球和血小板，且可能需要接受支持性输血来补充。在移植之后常会感到疲倦好几个月。

异体移植（而非自体移植） 另一个重要且有潜在严重后果的是产生移植物对抗宿主疾病（GVHD）。自有血缘关系者接受异体移植的病患当中，有20-50%会产生GVHD。自无血缘关系者接受异体移植的病患有更高比例会产生GVHD。GVHD乃T细胞（白血球的一种）引起。T细胞已设定程序可辨识哪些是属于自己、哪些不是。当它们侦测到对自己而言是外来者的时候，会警示免疫系统来摧毁此外来者。当捐赠者的细胞移植进入接受者体内时，也包含了一些捐赠者的T细胞。这些捐赠者T细胞会将病患（接受者）的器官和组织视为外来物，并警示免疫系统来攻击病患（接受者）的器官和组织。由于GVHD在异体移植是相对常见的，因此医疗团队会更密切注意病患这方面的问题；然而，有时这些症状会直到病患接受移植自医院返家后才发生。

移植物对抗宿主疾病（GVHD）有两种：急性GVHD和慢性GVHD。病患可能遭遇其中的一种，或两者都发生，或是两者皆未发生。急性GVHD通常在移植后3个月内发生。开始的症状通常是病患背部、腹部、或手脚有轻微或不明显的皮疹；皮疹会扩散开来，最后就像晒伤一样剥落或起水泡。急性GVHD可能导致胃痛和腹痛、呕吐、抽筋、恶心，以及水样或血性腹泻。也可能影响肝脏，有时会导致口腔溃疡。为减少发生急性GVHD的风险，通常会给病患很强的免疫抑制药物，例如合并环孢素和甲氨蝶呤、或合并他克莫司和甲氨蝶呤，或是合并环孢素和吗替麦考酚酸酯使用。通常也会加上强的松。

如果病患产生慢性GVHD，通常是在移植后3-18个月内发生。如果病患曾发生急性GVHD，则发生慢性GVHD的风险最高。慢性GVHD可能持续几个月甚或几年，且会影响身体许多器官，但通常是影响口腔、皮肤、眼睛和/或肺部。控制慢性GVHD最常使用的药物是环孢灵、强的松、吗替麦考酚酸酯和雷帕霉素。另外也会视被攻击的组织为何来做额外的处方治疗。使用这些免疫抑制药物会导致移植病患受感染的风险增加，因此病患必须谨慎监控自己的症状并保持高度的警觉性。