干细胞在临床治疗中有一定的疗效，但有关其中的机制研究目前甚少。部分研究者认为干细胞与内源性肝细胞发生融合是移植后肝细胞增多的主要机制。然而，融合发生率很低无法对临床疗效产生影响，因此其他机制的发现则更加重要。
另有学者认为，在体内病理微环境的作用下，部分干细胞移植后转化为肝系细胞而发挥作用。如利用酒精性
肝硬化患者血清体外诱导人骨髓
间充质干细胞，培养细胞可向肝细胞样细胞分化，表达甲胎蛋白及白蛋白。我们也进行过相关的动物实验，提取胆总管结扎所致肝损伤大鼠淤胆血清，体外培养
骨髓干细胞，发现病理条件培养液培养2周的骨髓细胞形成肝细胞样集落，细胞表达胚胎期肝干细胞特征性蛋白。提示肝损伤早期，体内存在有利于肝干细胞增殖和分化的内、外分泌机制，参与构成促进肝干细胞增殖和分化的“微环境”，从而在体外促进骨髓内肝干细胞亚群的克隆增生。
此外，干细胞可诱导体内分泌生长因子，从而刺激肝细胞的再生，修复受损的肝组织。如骨髓干细胞移植到大鼠体内，可刺激肝脏分泌肝细胞生长因子，引起肝细胞显著增生。干细胞还可以刺激局部微环境产生抗肝纤维化细胞因子，发挥降解纤维化肝组织的作用。如移植入肝纤维化小鼠的骨髓干细胞本身也可引起基质金属蛋白酶-9的表达增强，虽其机制尚不清楚，但可促进干细胞的种植和增殖，并明显减轻小鼠的肝纤维化程度。
干细胞移植治疗肝硬化的临床应用虽刚刚起步，但已取得良好的疗效。多数患者接受治疗后临床症状好转，肝功能改善，并且此方法操作简单易行，价格低廉，避免了免疫排斥又不涉及伦理道德等问题，具有无可比拟的优越性。干细胞移植为肝硬化等晚期肝病患者提供了新的治疗途径，带来了新的希望。
