干细胞植入患者体内后需要进行长时间的监护观察，后期工作中对护理人员和医疗条件要求较高。研究证明当移植后2个月的外周血或供者来源细胞的比例小于75%时具有较高的排斥风险，其中重要的影响因素是宿主剩余造血细胞，宿主剩余造血细胞<10%的患者排斥风险仅为13%，而宿主剩余造血细胞介于10%-25%的患者排斥风险将超过40%。通常危险等级3级患者的排斥风险要高于1级和2级，而移植物与受者造血细胞共存将形成混合嵌合体，在移植后期可能有3种发展趋势：
①移植物最终发生免疫排斥，地中海贫血复发；
②移植后保持嵌合状态持续2年以上形成稳定混合嵌合体，即称之为“脱地中海贫血状态”，该状态下受者体内一般能产生足够血红蛋白以满足正常需求；
③受者原有造血细胞逐渐消失，被移植物完全替代。
有研究表明相当比例的混合嵌合体患者可以进入稳定的混合嵌合状态，而没有移植失败的风险。早期混合嵌合体患者需要进行免疫调节以防止移植物丢失，但免疫抑制的强化并不能改善免疫耐受性，而中断免疫抑制却能很快形成稳定的混合嵌合体或完成完全移植，此后患者不需要输血，体内血红蛋白水平表达正常，并在2年随访中未出现移植物抗宿主病症状，该发现提高了对混合嵌合体进行免疫抑制治疗的认识，避免因过度免疫抑制调节而导致移植失败。
对一次移植失败或地中海贫血重新复发的患者，在确认清除原有的移植物和免疫性物质后可以进行二次移植，二次移植可以选择不同类型的干细胞，如骨髓造血干细胞移植失败的患者，二次移植可选择外周血造血干细胞移植等，以增加移植的成功率。
