一般情况下地中海贫血患者在进行干细胞治疗前都接受过输血治疗，在反复接受异体抗原的过程中引起机体致敏，导致移植物排斥概率大。临床经验表明人类白细胞抗原完全相合的同胞供者造血干细胞移植是目前治疗重型地中海贫血的首选治疗方法，其中供者的选择和患者移植前危险等级评估是干细胞治疗的关键。有研究报道人类白细胞抗原匹配的同胞之间干细胞移植可以使地中海贫血治疗的无病生存率达到90%，但最大限制在于只有不超过30%患者才具有人类白细胞抗原匹配的同胞供者，而非同胞之间移植发生排斥反应的概率较高，其中最大的危险因素是移植物抗宿主病。当前对非同胞之间的移植可以使用抗人胸腺细胞免疫球蛋白结合多种药物治疗来减少移植物抗宿主病的发生。在非同胞之间的重型β地中海贫血患者造血干细胞移植研究中，采用环孢素、吗替麦考酚酯结合短程甲氨蝶呤和抗人胸腺细胞免疫球蛋白可以预防和减少移植物抗宿主病的发生。