（1）向肝细胞分化的多能性和专能性；
（2）具有强度的增殖和分化潜能；
（3）取材容易，损伤小，易与自体移植，无免疫排斥反应；
（4）便于外源性基因的转染和表达等突出的优点，在临床应用上避免了肝脏移植和肝细胞移植的排斥反应；避免了移植后患者长期服用免疫抑制剂带来的负反应；早期可以修复及替代退行性肝细胞的损伤性病变，可以明显提高患者的生活质量，延长生存期。
目前对骨髓干细胞的临床应用还处于初级研究阶段，还需要进一步阐明骨髓干细胞的特性及其调控因素，完善其分离、诱导等方法，尤其在治疗肝硬化方面的具体机制还不十分清楚，患者的远期疗效及是否有其他并发症还有待长期观察。因此骨髓干细胞移植目前还不能替代肝细胞移植，有很多问题亟待解决：
(1)迄今尚未发现骨髓干细胞特异性标志物和相应的示踪观察方法。
(2)体外培养增殖骨髓干细胞十分困难。
(3)急性肝功能衰竭或肝硬化的患者并不都适合骨髓干细胞移植治疗。
(4)在各种病理条件的微环境下，骨髓干细胞向各种组织细胞分化的机制还不十分明确；在移植骨髓干细胞后，会不会引起肿瘤细胞的分化和增殖，还需要进行长期的实验和临床研究来证实。
(5)对于骨髓干细胞移植治疗的适应证、禁忌证、移植途径的选择、移植干细胞的数量、移植次数等还没有相关的标准，还需要不断的完善和规范。当前针对骨髓干细胞新的试验模式的研究仍在继续，除了采用新纳米材料可抑制肝细胞凋亡和免疫反应外，联合Fas配体单克隆抗体，也可以抑制或预防骨髓干细胞的凋亡。为避免骨髓干细胞输注后可能会诱导肝癌发生的疑惑，将分离纯化的骨髓干细胞不经活化直接移植入肝脏也是目前新的研究方向。尤其骨髓干细胞体外培养与扩增技术的创新与改进是近年来研究的热点。这些研究如能取得突破性进展，将会给骨髓干细胞移植的应用带来革命性变化，相信随着研究的不断深入，骨髓干细胞移植必将在肝硬化的治疗中发挥更加重要的作用。
